Kabupaten Sabu Raijua diresmikan oleh Menteri Dalam Negeri Mardiyanto pada 29 Oktober 2008 sebagai hasil pemekaran dari Kabupaten Kupang, Provinsi NTT.
Penyerahan daerah itu kepada Sunan Gresik sebagai siasat dari sang Raja agar rakyat Gresik yang beragama Islam itu tidak memberontak kepada rajanya yang masih beragama Hindu.